当A公司对B公司的应收与B公司对A公司的应付金额不相等时，就会在往来抵消核对时以红色字体体现，以表示该分录不平衡，需要进行调差。
一般情况下，用户需要逐个差异确认差异产生的原因，是货物、资金在途还是做账错误，然后根据差异产生的原因，逐个对差异进行处理。
对于批量差异的处理，系统有默认处理规则，涉及【差异处理】、【差异分配】两个概念。差异处理是指调整分录的值取哪个方向的数，如果设置为取大，则说明最后生成的抵消分录按大的那个数值填写，如果设置为取平均，则说明最后生成的抵消分录的数值按大小数值相加除2的那个数值填写；差异分配是指确定分录数值之后，例如确定取借方最大值，则差异为贷方最小值与最大值的差异数据，如果设置差异分配为首行，则会将差异值放在确认贷方金额的第一行，这样，就会看到确认借方金额、确认贷方金额总共有三个数据，然后，确认金额这两例借贷是平衡的。另外，如果认为系统的默认差异处理不合适，也可以手工调整。