可能原因如下，请一一排查：

1、智能会计平台参数未勾选“删除总账凭证时一起删除业务凭证”和“凭证生成自动覆盖正常的业务凭证”，导致删除总账凭证时，旧凭证模板生成的正常业务凭证未删除，重新生成总账凭证时会拿已有的业务凭证生成总账凭证，导致总账凭证分录和新凭证模板的分录不一致。

2、同一单据存在核算组织来源不同的多个凭证模板，核算组织来源对应的单据上组织是同一组织时，会优先按照编码较小值的凭证模板生成凭证。

3、单据存在未指定适用账簿的凭证模板001和适用账簿为凭证生成账簿的凭证模板002，但模板001的业务分类条件不包含单据对应的条件，则按照模板002生成凭证。

4、检查业务分类条件、科目影响因素设置、分录行生成条件的说明文字与实际设置是否一致，是否存在说明文字正确而实际设置错误的情况（凭证生成时按照实际设置生成）