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客户采购组织和收料组织不相同，使用组织间结算后，结算取价是通过取【结算配置价】来做，做完出库核算后，出现总成本字段和总金额字段不相同。不是应该我每单的入库金额是多少，相应的入库成本就是多少的？

嗯！关于你截图。以杭椒为例，总成本37.78>价税合计34.。瘦肉末总成本89.63>价税合计80。总之有些总成本>价税合计,有些总成本<价税合计，是否是你们有多批次采购入库，且入库价格有变动？
另我看到你表中，关于税率栏中都是空，有么有维护物料的税率，最好维护一下物料的税率。
关于外购直拨单的金额数据情况的介绍：总成本（本位币）字段=总成本字段，价税合计=金额=金额（本位币）。主要其中有涉及到税率计算。此表分的很细，有计入税率的成本，和不计入税率的成本。