客户是一个单体法人的公司，是一家生产贸易型企业，但是部门是独立核算的。比如有6个部门，1 个行政、1个财务、2个业务部门、1个工厂、1个仓库。其中业务部门之间和工厂是有结算关系的，请问我设组织的时候是将6个部门全部设为利润中心还是只设定业务部门和工厂是利润中心、其他只列为部门？
根据你的描述：
1、业务部门之间和工厂是有结算关系的
---这样2个业务部门和1个工厂设置为利润中心；
2、1 个行政、1个财务、1个仓库
---这些是服务部部门，可以增设公司本部的利润中心，将这些部门的业务职能赋予公司本部，公司部门下的部门基础资料设置这3个内容
3、法人核算体系中的核算组织就是法人公司，其下级组织就是公司本部、2个业务部门和1个工厂
增设利润中心核算体系，核算组织包括：公司本部、2个业务部门和1个工厂，其下级组织就是本身
4、法人公司仅是核算组织，不用给予业务组织及其业务职能。